Basado en la novela del mismo nombre de Takafumi Takada, la historia está ambientada en el período Heian, Kioto, durante una época de intensos combates entre humanos y "Oni" (demonios). De alguna manera, un niño de 15 años que vive en la epoca actual viaja en el tiempo, 1.200 años atras y se encuentra inmerso en medio de esta batalla antigua.

Después de ser capturado por el intento de asesinar al líder de Kumogakure, el Raikage, y el asesinato de varios Jonin de Kirigakure e Iwagakure, Naruto es encarcelado en una instalación de contención penal también conocida como la prisión de la sangre. El capitán del castillo, Mui, usa el jutsu de prisión máxima para robar el poder de los prisioneros. La batalla para demostrar su inocencia y descubrir la verdad ha comenzado para Naruto y sus amigos.

Un nuevo estudiante llega a la Escuela Secundaria Kamakura Junior con la orden de apoderarse del campus con sus poderes de telepatía. Sólo un estudiante es capaz de resistirse y es el único que puede liberar a la escuela del controlador de mentes.